Category Archives: Narzędzia

Jakość oprogramowania – przestrzeń do rozwoju

MBE opublikowało zestawienie podsumowujące jakość kodu, obsługę krytycznych błędów i reakcję na obciążenie testując kilkanaście dobrych, stabilnych i standardowo używanych programów bioinformatycznych.  Jeśli te najlepsze programy (np. mafft!) mają takie problemy z dobrymi praktykami programistycznymi to strach zaglądać do reszty

Jakość oprogramowania – przestrzeń do rozwoju

MBE opublikowało zestawienie podsumowujące jakość kodu, obsługę krytycznych błędów i reakcję na obciążenie testując kilkanaście dobrych, stabilnych i standardowo używanych programów bioinformatycznych.  Jeśli te najlepsze programy (np. mafft!) mają takie problemy z dobrymi praktykami programistycznymi to strach zaglądać do reszty

Sieć neuronowa zupełnie jak komórka

W Nature został opublikowany model sieci neuronowej, która odtwarza działanie komórki eukaryotycznej.  Sieć zostąła wytrenowana na drożdżowych danych eksperymentalnych obejmujących również interakcje genetyczne. Efekt uczenia jest imponujący i obejmuje zarówno strukturę wewnątrzkomórkowych relacji jak i funkcje poszczególnych szlaków/procesów/składowych komórki. Uzyskiwane

Sieć neuronowa zupełnie jak komórka

W Nature został opublikowany model sieci neuronowej, która odtwarza działanie komórki eukaryotycznej.  Sieć zostąła wytrenowana na drożdżowych danych eksperymentalnych obejmujących również interakcje genetyczne. Efekt uczenia jest imponujący i obejmuje zarówno strukturę wewnątrzkomórkowych relacji jak i funkcje poszczególnych szlaków/procesów/składowych komórki. Uzyskiwane

CitSci.org platforma do nauki obywatelskiej

Jednym z ograniczeń w rozwoju nauki obywatelskiej jest udostępnianie danych uzyskanych z projektów NO. Platforma CitSci.org ma za zadanie wesprzeć tworzenie, projektowanie, realizację i udostępnianie projektów NO jak i wykorzystywanie wyników z projektów NO. Dane uzyskane w jednym projekcie mogą

CitSci.org platforma do nauki obywatelskiej

Jednym z ograniczeń w rozwoju nauki obywatelskiej jest udostępnianie danych uzyskanych z projektów NO. Platforma CitSci.org ma za zadanie wesprzeć tworzenie, projektowanie, realizację i udostępnianie projektów NO jak i wykorzystywanie wyników z projektów NO. Dane uzyskane w jednym projekcie mogą

Krok ku powtarzalności – przeciwciała na celowniku

W bieżącym Nature ukazał się apel do instytucji finansujących naukę o wspieranie rozwoju technologii i stosowania rekombinowanych przeciwciał. Przemawiają za tym następujące okoliczności: tylko niewielki odsetek przeciwciał poliklonalnych wiąże się do pożądanego substratu (wg. autorów poliklonalne powinny w ogóle odejść

Krok ku powtarzalności – przeciwciała na celowniku

W bieżącym Nature ukazał się apel do instytucji finansujących naukę o wspieranie rozwoju technologii i stosowania rekombinowanych przeciwciał. Przemawiają za tym następujące okoliczności: tylko niewielki odsetek przeciwciał poliklonalnych wiąże się do pożądanego substratu (wg. autorów poliklonalne powinny w ogóle odejść

Generator zestawów testowych

Zamiast wymyślać jak utworzyć zestaw testowy może warto sięgnąć po przetestowany generator zestawów testowych (link)

Generator zestawów testowych

Zamiast wymyślać jak utworzyć zestaw testowy może warto sięgnąć po przetestowany generator zestawów testowych (link)

genom za 1000USD … znowu

Temat nieco rozwlekany, ale pozostaje gorącym. Nowości z rynku sekwencjonowania, wreszcie skomentowane adekwatnie – HiSeq X Ten ma znaczenie wyłącznie dla dużych graczy, a nam płotkom pozostaje śledzenie poczynań wielkich … Gdyby kogoś zaintrygowała nazwa HiSeq X Ten – Ten

genom za 1000USD … znowu

Temat nieco rozwlekany, ale pozostaje gorącym. Nowości z rynku sekwencjonowania, wreszcie skomentowane adekwatnie – HiSeq X Ten ma znaczenie wyłącznie dla dużych graczy, a nam płotkom pozostaje śledzenie poczynań wielkich … Gdyby kogoś zaintrygowała nazwa HiSeq X Ten – Ten

Apophenia – for cases when statistics must be done in C

As Wikipedia states: apophenia is the experience of seeing meaningful patterns or connections in random or meaningless data. With Ben Klemens library one can theoretically thoroughly test for such possibility. Well, at least it could be fast (computational time) and

Apophenia – for cases when statistics must be done in C

As Wikipedia states: apophenia is the experience of seeing meaningful patterns or connections in random or meaningless data. With Ben Klemens library one can theoretically thoroughly test for such possibility. Well, at least it could be fast (computational time) and