Wielkie nic z ciekawego genomu (S. in S. out)

Nałogowo przeglądam publikacje genomowe dziwnych stworzeń, więc musiałam zajrzeć do genomu najbardziej zimnolubnego grzyba a tam wielkie nic, ogłaszane z resztą w tytule. Przyznaję, że nie przypominam sobie, żeby nie było nic ciekawego w dowolnym grzybowym genomie, czasem trzeba było bardziej pogrzebać. Szczęśliwie autorzy dzielą się informacją jaką technologią otrzymali genom – ION Torrent (czyli odczyty maksymalnie ~400bp).  Uzyskali złożenie genomu na poziomie N50=4760 par zasad, łącznie ponad 12 tysięcy kontigów, odrzucili jedynie te krótsze niż 300 par zasad. Zrozumiałym jest, że każdy pracuje z tym co akurat ma, i  że można hipotetyzować o kodującej białka części genomu, którą można zestawić z modelowymi organizmami i nawet coś powiedzieć o stopniu podobieństwa między odpowiadającymi sobie genami (lub ich przewidywanymi produktami). Co dośc zaskakujące, w oparciu o takiej jakości dane autorzy powyżej publikacji mają obserwacje dotyczące repetytywnej części genomu, MAT locus itd. i nie piszą, że może im czegoś tam brakować, że mogło się nie złożyć itd.

Reklamy

2 comments

  1. Z drugiej strony już w samym tytule uczciwie przyznają ze to draft genomu jedynie 🙂

  2. Ewidentnie musieli sprawozdać grant 🙂

Skomentuj

Wprowadź swoje dane lub kliknij jedną z tych ikon, aby się zalogować:

Logo WordPress.com

Komentujesz korzystając z konta WordPress.com. Wyloguj / Zmień )

Zdjęcie z Twittera

Komentujesz korzystając z konta Twitter. Wyloguj / Zmień )

Facebook photo

Komentujesz korzystając z konta Facebook. Wyloguj / Zmień )

Google+ photo

Komentujesz korzystając z konta Google+. Wyloguj / Zmień )

Connecting to %s

%d blogerów lubi to: